بر اساس منطق قرآن، اختلاف بر دو دسته است؛ اختلاف پسندیده و اختلاف ناپسند.

اختلاف پسندیده اختلافی است که بین کسانی که در صدد کشف حق و شناخت واقعیت هستند رخ می‌دهد. در پرتوی گفتگو و بحث و نقد میان افراد جویای حقیقت،‌ اندک اندک حق آشکار می‌شود و غبار تردید از آن کنار زده می‌شود. این نوع اختلاف اشکالی ندارد، بلکه مقدمه رسیدن به حق و یافتن مسیر وحدت است. بر اساس آیات قرآن، اختلاف مردم قبل از وحی این‌گونه اختلاف بوده و با نزول وحی و بیان معارف و وضع قوانین الهی،‌ حق روشن شده و اختلافات جویندگان حقیقت پایان یافته است.(بقره/213)

پس از آشکار شدن حق و در اثر انکار آن یا مخفی داشتن آن، اختلاف ناپسند رخ می‌نماید. قرآن کریم منشأ اختلاف بعد از روشن شدن حقیقت را در بغی و ستم (آل‌عمران/19) و حب دنیا (آل‌‌عمران/152) می‌داند. این گونه اختلاف میان کسانی رخ می‌دهد که به خوبی از حق آشنایی دارند و افشای آن را مانع منافع مادی و دنیوی خود می‌‌دانند. در تمام مواردی که در قرآن عالمان توبیخ و مذمت شده‌اند،‌ کسانی منظورند که در این دسته قرار دارند. قرآن کریم مسلمانان را از این نوع اختلاف بر حذر می‌دارد؛ اختلافی که در پیروان ادیان پیشین و مخالفت آنها را با انبیاء‌ و سرپیچی از حق وجود داشته است.(آل‌‌عمران/105)

راه برطرف کردن این دو نوع اختلاف هم با هم متفاوت است. راه حل اختلاف ناپسند که در اثر هواپرستی و ستم شکل گرفته، در پیش گرفتن تقوای الهی و توجه بیشتر به یاد خدا و حساب و قیامت و عذابهای جهنم برای دست کشیدن از این گونه اختلاف است. این نوع اختلاف از نقصان معرفت برنخاسته تا علم و افزایش دانش آن را از بین ببرد.

اما اختلافی که در اثر ندانستن حقیقت و برای رسیدن به حق شکل گرفته، در پرتو علم و دانش و در مرحله بعد با مراجعه به خدا و رسولانش از بین می‌رود. خداوند نزاع مؤمنان را به خدا و رسول ارجاع می‌دهد تا با وحی الهی و تبیین و تفسیر پیامبر علم بشر ارتقا یابد و حقیقت روشن شود:

اى کسانى که ایمان آورده‏اید! اطاعت کنید خدا را! و اطاعت کنید پیامبر خدا و اولو الأمر [اوصیاى پیامبر] را! و هر گاه در چیزى نزاع داشتید، آن را به خدا و پیامبر بازگردانید (و از آنها داورى بطلبید) اگر به خدا و روز رستاخیز ایمان دارید! این (کار) براى شما بهتر، و عاقبت و پایانش نیکوتر است. (نساء/59)